TARGET LOCUS AMPLIFICATION (TLA)
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Ortspezifische Komplett-Sequenzierung ("Target locus Amplification", TLA)
In Fällen, wo die Anzahl der für die jeweilige Erkrankung in Frage kommenden Gene gering ist, aber die Direkt-Untersuchung dieser Gene keine Mutation zu Tage gefördert hat, ist es mitunter sinnvoll diese Gene komplett, inklusive aller nicht-kodierenden Bereiche und aller regulatorisch relevanter Regionen zu sequenzieren. Auf diese Weise können Mutationstypen erfasst werden, die mit den auf die kodierenden Bereiche ausgerichteten Sequenzierstrategien nicht erkannt werden, wie z.B. der Verlust von kleinen Genom-Abschnitten, die Integration von Virus-DNA oder die Umlagerung von DNA-Bereichen (z.B.: Inversionen, kryptische Translokationen).
Zur Komplett-Anreicherung ausgewählter genomischer Regionen wird die hochrangig publizierte „TLA“-Strategie [2] verwendet, die inzwischen auch kommerziell verfügbar ist (Cergentis, Utrecht, NL). Mit dieser Technologie werden die Vorteile der Gesamt-Genom-Sequenzierung (Erfassung aller Mutationstypen) mit den Vorteilen der ortspezifischen Sequenzierung (schnell und preiswert) miteinander kombiniert. Ein zusätzlicher Vorteil dieser Methodik, den weder die Gesamt-Genom- noch die Exom-Sequenzierung bieten können, besteht in der Möglichkeit, die beiden Kopien eines jeweiligen Gens (also die von der Mutter und die vom Vater geerbte Version des Gens) separat entschlüsseln zu können, die sog. „Haplotypisierung“.
[2] de Vree PJP et al.: Targeted sequencing by proximity ligation for comprehensive variant detection and local haplotyping. Nature Biotechnoloy (2014), doi:10.1038/nbt.2959