Publications of the Plant Genomics Group

Cover-Abbildungen

Cover unseres Protokollbuches "Plant Cytogenetics and Cytogenomics" in der "Methods in Molecular Biology" Serie. Mehr erfahren

Cover zu unserem Artikel über Cassandra-Retrotransposons: Dies sind transponible Elemente, welche die Promoter-Struktur der 5S-rDNA eingefangen haben und mitnutzen. Mehr erfahren

Cover zu unserem Artikel zur Herkunft des Safran-Krokus.

Cover zu unserem Artikel zur genetischen Herkunft des Safran-Krokus. Mehr erfahren

Preprints und akzeptierte Artikel

A. El-nagish, S. Liedtke, S. Breitenbach and T. Heitkam (2024): "Preparing high-quality chromosome spreads from Crocus species for karyotyping and FISH", bioRxiv, doi: 10.1101/2024.11.18.624136. read preprint

N. Schmidt, S. Maiwald, L. Mann, B. Weber, K. M. Seibt, S. Breitenbach, S. Liedtke, G. Menzel, B. Weisshaar, D. Holtgräwe, T. Heitkam (2024): “BeetRepeats: reference sequences for genome and polymorphism annotation in sugar beet and wild relatives”, in press at BMC Research Notes , doi: 10.1186/s13104-024-06993-4.
The database of beet repeat sequences can be already accessed via Zenodo: 10.5281/zenodo.8255813.

S. Ishiguro, S. Taniguchi, N. Schmidt, M. Jost, S. Wanke, T. Heitkam, N. Ohmido (2024): "Repeatome landscapes and cytogenetics of hortensias provide a framework to trace Hydrangea evolution and domestication", in press at Annals of Botany.
Read the corresponding preprint: bioRxiv, doi: 10.1101/2024.06.05.597687.

Sielemann K., Schmidt N., Guzik J., Kalina N., Pucker B., Viehöver P., Breitenbach S., Weisshaar B., Heitkam T.and Holtgräwe D. (2023): "Pangenome of cultivated beet and crop wild relatives reveals parental relationships of a tetraploid wild beet", bioRxiv, doi: 10.1101/2023.06.28.546919.

Publikationen

37 Einträge

2022

Larix species range dynamics in Siberia since the Last Glacial captured from sedimentary ancient DNASchulte, L., Meucci, S., Stoof-Leichsenring, K. R., Heitkam, T., Schmidt, N., Hippel, B. V., Andreev, A. A. & 9 weitere, 9 Juni 2022, in: Communications Biology. 5, 1, 11 S., 570Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
Ancient Artworks and Crocus Genetics Both Support Saffron's Origin in Early GreeceKazemi-Shahandashti, S., Mann, L., El-Nagish, A., Harpke, D., Nemati, Z., Usadel, B. & Heitkam, T., 25 Feb. 2022, in: Frontiers in plant science. 13, S. 834416, 834416Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Übersichtsartikel (Review)
Complete pan-plastome sequences enable high resolution phylogenetic classification of sugar beet and closely related crop wild relativesSielemann, K., Pucker, B., Schmidt, N., Viehöver, P., Weisshaar, B., Heitkam, T. & Holtgräwe, D., 10 Feb. 2022, in: BMC genomics. 23, 1, 17 S., 113Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
ECCsplorer: a pipeline to detect extrachromosomal circular DNA (eccDNA) from next-generation sequencing dataMann, L., Seibt, K. M., Weber, B. & Heitkam, T., 14 Jan. 2022, in: BMC bioinformatics. 23, 1, S. 23-40, 15 S., 40Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel

2021

Can we have it all?: Repurposing target capture for repeat genomics. A commentary on: 'Aiming off the target: recycling target capture sequencing reads for investigating repetitive DNA'Heitkam, T. & Garcia, S., 9 Nov. 2021, in: Annals of Botany. 128, 7, S. iii-vElektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Kommentar (Comment) / Leserbriefe ohne eigene Daten
Broken, silent, and in hiding: tamed endogenous pararetroviruses escape elimination from the genome of sugar beet (Beta vulgaris)Schmidt, N., Seibt, K. M., Weber, B., Schwarzacher, T., Schmidt, T. & Heitkam, T., 26 Aug. 2021, in: Annals of Botany. 128, 3, S. 281-299, 19 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
Comparative Repeat Profiling of Two Closely Related Conifers (Larix decidua and Larix kaempferi) Reveals High Genome Similarity With Only Few Fast-Evolving Satellite DNAsHeitkam, T., Schulte, L., Weber, B., Liedtke, S., Breitenbach, S., Kögler, A., Morgenstern, K. & 5 weitere, 12 Juli 2021, in: Frontiers in genetics. 12, S. 683668, 683668Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
TE Hub: a community-oriented space for sharing and connecting tools, data, resources, and methods for transposable element annotationTE Hub Consortium, Elliott, T. A., Heitkam, T., Hubley, R., Quesneville, H., Suh, A. & Wheeler, T. J., 21 Juni 2021, in: Mobile DNA. 12, 1, S. 16, 16Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
The Cassandra retrotransposon landscape in sugar beet (Beta vulgaris) and related Amaranthaceae: recombination and re-shuffling lead to a high structural variabilityMaiwald, S., Weber, B., Seibt, K. M., Schmidt, T. & Heitkam, T., 1 Jan. 2021, in: Annals of Botany. 127, 1, S. 91-109, 19 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
Application of retrotransposon-based Inter-SINE Amplified Polymorphism (ISAP) markers for the differentiation of common poplar genotypesReiche, B., Kögler, A., Morgenstern, K., Brückner, M., Weber, B., Heitkam, T., Seibt, K. M. & 5 weitere, 2021, in: Canadian Journal of Forest Research. 51, 11, S. 1650-1663, 14 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel