Professor Müller und sein Team haben in den vergangenen Jahren eine Vielzahl von Forschungsprojekten durchgeführt, überwiegend im Zusammenhang mit seiner Funktion als Direktor des Leibniz-Instituts für Ökologische Raumentwicklung (IÖR). Derzeit arbeitet die Seniorprofessur an einem größeren, von der EU geförderten Forschungsvorhaben (TRANS-URBAN-EU-CHINA) mit, das von Professor Müller gleichzeitig geleitet wird. Darüberhinaus werden weitere, insbesondere internationale Vorhaben durchgeführt.