SHK- und WHK-Stellen

Beginn: ab sofort

Ziel dieser Arbeit ist die Optimierung der bereits existierenden Co-Registrierung von 2D- und 3D-Bilddatensätzen. Dabei soll sowohl die Möglichkeit bestehen 2D-Histologieschnitte als auch 3D-µCT-Daten auf OCT-Volumendatensätze zu registrieren und in Schnittebenen vergleichend zu visualisieren.

Die ausgeschriebene Stelle kann folgende Aufgaben umfassen:

• Recherche der existierenden Veröffentlichungen und Vorarbeiten am Beispiel der ex vivo Bildgebung von Zahnhartstrukturen (Golde et al.)
• Evaluation und Erweiterung der vorliegenden Matlab®-Software zur Co-Registrierung für verschiedene Anwendungsbeispiele
• Validierung und Bewertung der Implementierung anhand von Phantomen und biologischen Gewebestrukturen (z. B. Mundschleimhaut, Zähne, Trommelfell, Lungengewebe)

OCT… Optische Kohärenztomografie (engl. optical coherence tomography)
µCT… Mikro-CT (Mikro-Computertomografie, engl. micro computed tomography/X-ray microtomography)

J. Golde, F. Tetschke, R. Vosahlo, J. Walther, C. Hannig, E. Koch, and L. Kirsten, "Depolarization imaging for caries detection validated by co-registered PS-OCT and µCT volumes (Conference Presentation)," Proc. SPIE 11217, Lasers in Dentistry XXVI, 1121707 (Presented at SPIE BiOS: February 02, 2020; Published: 9 March 2020); https://doi.org/10.1117/12.2546764.6138693292001

Beginn: ab sofort

Im Rahmen einer Kooperation zwischen unserer Arbeitsgruppe und dem Ear Research Center Dresden wird die OCT als neuartiges diagnostisches Verfahren für die Untersuchung des Mittelohres weiterentwickelt. Die OCT erlaubt dabei auch eine Schwingungsmessung (Vibrometrie) am Trommelfell und an den Gehörknöchelchen, sodass die Schallweiterleitung im Mittelohr untersucht werden kann. Im Vergleich zum Trommelfell ist die Schwingungsamplitude der Gehörknöchelchen in der Regel deutlich kleiner. Ebenso ist die Schwingungsamplitude bei verschiedenen Pathologien vermindert. Ziel der Arbeit ist deshalb eine Optimierung der Vibrometrie, um auch Schwingungen kleiner Auslenkung mit ausreichender Qualität detektieren zu können.

Die ausgeschriebene Stelle beinhaltet folgende Aufgaben:

• Bestimmung der zu erwartenden Schwingungsamplituden des Trommelfells und der Gehörknöchelchen
• Durchführung von Messungen mit OCT und Laser-Doppler-Vibrometrie
• Erprobung verschiedener Methoden der akustischen Anregung des Trommelfells/Mittelohres
• gegebenenfalls Erweiterung der bestehenden LabVIEW- und Matlab-Software für OCT-Aufnahme und -Prozessierung

Beginn: ab sofort

© Christian Schnabel

Die optische Kohärenztomografie (OCT) ermöglicht einzigartige hochaufgelöste Schnittbilder biologischer Strukturen. Als nichtinvasives Verfahren eignet sie sich daher besonders für Verlaufskontrollen degenerativer und regenerativer Prozesse der Netzhaut im Auge. Aufgrund der Krümmung der Retina in der optischen Abbildung sind

nachfolgende Auswertungsprozesse (z. B. Dickenbestimmung der einzelnen Gewebeschichten usw.) deutlich erschwert. Daher sollen die Bilddaten nivelliert, d. h. begradigt und ausgerichtet, werden. Im Rahmen Ihrer Arbeit sollen Sie bestehende Algorithmen für verschiedene Szenarien optimieren und sowohl die 2D- als auch 3D-Rekonstruktion in bestehende workflows implementieren.

Die ausgeschriebene Stelle kann folgende Aufgaben umfassen:

• Literaturrecherche bzgl. Verfahren zur Oberflächendetektion
• Erweiterung der vorliegenden Matlab^®-Software zur Prozessierung der OCT-Schnittbilder, sodass eine 2D- und 3D-Rekonstruktion möglich ist
• Validierung und Bewertung der Implementierung anhand von biologischen Geweben (z. B. in vivo Aufnahmen der murinen Retina)

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung!

Beginn: ab sofort

© Stiftung Gesundheitswissen

Die maschinelle Beatmung ist eine der wesentlichen Therapiemaßnahmen in der intensivmedizinischen Patientenversorgung. Aber auch bei langwierigen operativen Maßnahmen bilden Lungenunterstützungsverfahren den Grundpfeiler für ein positives Outcome der Betroffenen. Trotz der hohen Prävalenz dieser Technik sind die biomechanischen Vorgänge im Bereich der Alveolen (Lungenbläschen) bei Überdruckbeatmung weitestgehend unverstanden. Um eine Korrelation zwischen Beatmungsparametern (Resistance und Compliance) und der alveolaren Belastung herstellen zu können, werden in tierexperimentellen Untersuchungen hochauflösende Bildgebungstechniken wie die Intravitalmikroskopie und die optische Kohärenztomografie (OCT) eingesetzt. Dadurch werden Bilddaten gewonnen, die die unterschiedlichen Gewebezustände während der Beatmung zeigen und die mittels entsprechender Algorithmen zur Gewebecharakterisierung ausgewertet werden können.

Im Rahmen Ihrer Arbeit sollen Sie bestehende Bilddaten segmentieren und somit die Grundlage für eine automatisierte statistische Auswertung liefern.

Die ausgeschriebene Stelle kann folgende Aufgaben umfassen:

• 2D und 3D Segmentierung von Alveolen in Bilddaten
• Mitwirkung an der statistischen Auswertung der Messdaten und Unterstützung bei der Korrelationsanalyse zu Messdaten vom Beatmungsgerät

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung