Cutting-Edge Sequenzierung für alle: 5. NGS-CN Summer School zu Spatial Transcriptomics in Dresden

Im Mai veranstalteten Expertinnen und Experten des DRESDEN-concept Genome Centers (DcGC) die 5. NGS-CN Summer School zum Thema Spatial Transcriptomics. Diese hochmoderne Technologie ermöglicht es Forscherinnen und Forschern, die Genexpression einer großen Anzahl von Genen innerhalb von Gewebeproben zu quantifizieren und zu visualisieren. Über 200 Nachwuchsforschende nahmen online oder vor Ort im Zentrum für Regenerative Therapien Dresden (CRTD) an der Veranstaltung teil. Die Summer School bot eine umfassende Einführung in die Technologien der Einzelzell- und Spatial Transcriptomics  sowie deren Datenanalyse. Sie wurde unter der Leitung des Next Generation Sequencing Competence Network (NGS-CN) organisiert.

Spatial Transcriptomics ist eine relativ neue Technologie mit dem Potenzial, die Molekularbiologie zu revolutionieren. „Sie kombiniert hochmoderne Sequenzierung mit Histologie, wodurch wir nicht nur analysieren können, welche Transkripte exprimiert werden, sondern auch, wo genau im Gewebe, und das in manchen Fällen sogar mit Einzelzellauflösung“, erklärt Dr. Julieta Aprea, Leiterin der Spatial Omics Unit am DRESDEN-concept Genome Center (DcGC).

Obwohl die Technik relativ jung ist, ist Spatial Transcriptomics am DcGC in Dresden bereits fest etabliert. Die jüngste Summer School zu Spatial Transcriptomics bot die Gelegenheit, dieses umfassende Fachwissen mit Forschenden von anderen Universitäten und Instituten weltweit zu teilen.

Hybrider Ansatz

Der erste Teil der Summer School fand als hybride Veranstaltung statt, sodass Teilnehmende entweder online oder vor Ort in Dresden dabei sein konnten. In einer Reihe von Vorträgen erhielten rund 200 Teilnehmende praktische Einblicke in die Anwendung von Spatial Transcriptomics und die Analyse der resultierenden Daten. Vorträge führender Forscherinnen und Forscher rundeten das Programm ab und zeigten reale Anwendungen von Spatial Transcriptomics.

„Das hybride Format war eine großartige Möglichkeit zum Netzwerken. In einem sich so schnell entwickelnden Feld ist es unerlässlich, Verbindungen aufzubauen und direkt von Kolleginnen und Kollegen zu lernen“, sagt Daniela Dey, Scientific Officer am West German Genome Center (WGGC).

Umfassendes Hands-On-Training

Der zweite Teil der NGS-CN Summer School konzentrierte sich auf praxisorientiertes Training. Hier erhielten 16 Nachwuchsforschende die einzigartige Gelegenheit, die Feinheiten von Spatial Transcriptomics kennenzulernen. Das Expertenteam des DcGC, des NGS-CN und der CMCB Technologieplattform boten Workshops an, die jeden Schritt der experimentellen Pipeline abdeckten.

Susanne Weiche von der CMCB Histology Facility behandelte die Grundlagen der Probenvorbereitung. Ellen Geibelt und Dr. Ruth Hans von der CMCB Light Microscopy Facility beleuchteten die Hochdurchsatz-Bildgebung von Proben. Dr. Julieta Aprea, Sylvia Clausing, Annekathrin Kränkel, Dr. Neharika Chamachi und Josefine Kleinert vom DcGC sowie Dr. Antje Becker von 10x Genomics leiteten die Teilnehmenden durch den VisiumHD-Workflow. Abschließend führten Dr. Katrin Sameith-Lauber, Dr. Andreas Petzold, Dr. Ulrike Friedrich, Dr. Virag Sharma vom Bioinformatics-Team des DcGC und Dr. Joana Bernardes aus dem Competence Center for Genomic Analysis Kiel (CCGA) durch die Datenanalyse-Pipeline und boten den Teilnehmenden individuelle Unterstützung an.

Finanzierung und Organisation

Die NGS-CN Summer School zu Spatial Transcriptomics wurde durch die DFG-geförderte Initiative NGS Competence Network sowie durch Mittel von DRESDEN-concept, des Ministeriums für Kultur und Wissenschaft NRW (WGGC) und der kommerziellen Sponsoren 10x Genomics und Vizgen ermöglicht. Die Finanzierung machte es möglich, Reise- und Übernachtungskostenübernahme für die 16 Nachwuchsforschenden anzubieten, damit diese am Hands-On Training teilnehmen konnten.

Organisiert wurde die Summer School vom DcGC-Team in Zusammenarbeit mit den WGGC Scientific Officers Daniela Dey, Dr. Iuliia Novoselova, Dr. Anna-Maria Möller und Dr. Martina van Uelft.