Neue Publikation in der Zeitschrift PLOS Computational Biology

Christoph Baldow (Arbeitsgruppe Glauche, IMB) und Sebastian Salentin (Arbeitsgruppe Michael Schroeder am BIOTEC, TUD) haben in Zusammenarbeit einen Forschungsbeitrag in der Zeitschrift PLOS Computational Biology mit dem Titel: "MAGPIE: Simplifying Access and Execution of Computational Models in the Life Sciences" veröffentlicht.

Der veröffentlichte Webserverdienst “MAGPIE” wurde entwickelt, um die interdisziplinäre Zusammenarbeit theoretischer mit angewandter Wissenschaften zu unterstützen. In vielen Bereichen der angewandten Wissenschaften, wie zum Beispiel Biologie und Medizin, sind Computermodelle wichtige Instrumente zur Validierung von Theorien und um Vorhersagen zu tätigen. Der Austausch von Modellen und entsprechenden Ergebnissen zwischen den technisch versierten und anwendungsorientierten Projektpartnern kann jedoch aufgrund der begrenzten Kenntnisse der anwendungsorientierten Wissenschaftler schwierig gestalten. Obwohl mehrere Lösungen zur Vereinfachung des Forschungsaustauschs etabliert wurden, mangelt es vielen von ihnen an Flexibilität und einfachen Schnittstellen. MAGPIE repräsentiert eine neue Generation von kollaborativen Systemen, die den Modellierern volle Flexibilität bietet, indem sie nicht auf bestimmte vordefinierte Programmiersprachen beschränkt werden. Gleichzeitig bietet MAGPIE eine klare und intuitive Schnittstelle für technisch nicht versierte Kollaborationspartner, so dass die bereitgestellten Modelle direkt serverseitig ausgeführt werden können und die entsprechenden Ergebnisse visuell zugänglich sind und untersucht werden können. Zusätzlich zeichnet sich MAGPIE durch die vollständige Reproduzierbarkeit aller Komponenten aus. Zu diesem Zweck ist MAGPIE auch eine interessante Option in klinischen Umgebungen und wird daher bereits im translationalen Forschungsprojekt "HaematoOPT" eingesetzt.