Pflanzengenomik
Leiter: Dr. Gerhard Menzel
Skript: Bei Beginn der Veranstaltung wird das Skript zur Verfügung gestellt.
Inhalt
Pflanzliche Genomenanalyse (Genomics) erfordert die Nutzung von high-throughput-Technologien. Im Praktikum kommt eine genomische Bibliothek der Zuckerrüben (Beta vulgaris) zum Einsatz, bestehend aus 50304 BACs (bacterial artifical chromosomes) mit einer durchschnittlichen Insertgröße von 125 kb. Mit Hilfe des Bioroboters MicroGrid II werden die Teilnehmer high density filter von 9216 BAC Klonen erstellen (1,5-fache Genomabdeckung). Durch Hybridisierung mit radioaktiv markierten Sonden erfolgt eine Auswahl jener BAC Klone, die für aktuelle Forschungsprojekte der Arbeitsgruppe relevant sind. Die DNA der ausgewählten BACs wird aufgereinigt und mit Hilfe des sog. HydroShear in Sequenzen definierter Größe fragmentiert. Nach Klonierung der DNA-Fragmente in Plasmidvektoren, werden die Subklone auf 96-well Mikrotiter-Platten transferiert und über den MicroGrid II auf Membranfilter übertragen.
Wir bieten die Möglichkeit, die Filter in einem vierwöchigen Großpraktikum zu charakterisieren.
