OpenST: Kostengünstige und individuell anpassbare Spatial Profiling des gesamten Transkriptoms

Das DRESDEN-concept Genome Center (DcGC) hat in Zusammenarbeit mit den Histologie und Lichtmikroskopie Einrichtungen der CMCB-Technologieplattform einen hauseigenen OpenST-Workflow für die Spatial Transcriptomics eingerichtet. OpenST steht nun am DcGC für Projekte zur Verfügung, die ein flexibles Versuchsdesign und eine kosteneffiziente spatial profiling des gesamten Transkriptoms erfordern.

OpenST nutzt eine auf Poly(A) basierende Capture-Methode für eine unverzerrte Ganztranskriptom-Profilierung ohne vordefinierte Sondenpanels. Die mit Oligonukleotiden beschichtete Capture-Oberfläche mit einer Größe von ca. 0,6 µm ermöglicht eine hochauflösende und hochempfindliche spatial Analyse.

Als Open-Source-Workflow ermöglicht OpenST die individuelle Anpassung der Abtastbereichsabmessungen, des räumlichen Binning sowie der Sequenzierungstiefe. Je nach Versuchsdesign und Sequenzierungsanforderungen können die Versuchskosten etwa ein Viertel der Kosten vergleichbarer kommerzieller Assays betragen. Dank dieser Flexibilität eignet sich OpenST für Projekte, die eine maßgeschneiderte räumliche Abdeckung, die Analyse mehrerer Gewebeschnitte oder eine kosteneffiziente 3D-Transkriptom-Rekonstruktion erfordern.

Der DcGC-Workflow basiert auf drei Veröffentlichungen und wurde in Anlehnung daran angepasst:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2667237524002042?via%3Dihub

https://www.nature.com/articles/s41596-024-01065-0

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00636-6#figs2

Interessiert? Bitte wenden Sie sich an DcGC, um OpenST für Ihr Projekt zu besprechen: