AG Seifert: Medizinische Bioinformatik
Die rasante Entwicklung von experimentellen Technologien zur Messung von molekularen Hochdurchsatzdaten erlaubt immer tiefere Einblicke in die Pathogenese von Krankheiten. Die dabei gemessenen heterogenen Datensätze müssen mit geeigneten bioinformatischen und systembiologischen Verfahren analysiert werden, um das komplexe Zusammenspiel verschiedener Regulationsebenen und deren Einfluss auf krankheitsauslösende Prozesse besser zu erfassen.
Die Arbeitsgruppe Medizinische Bioinformatik analysiert schwerpunktmäßig molekulare Hochdurchsatzdaten für spezifische Forschungsfragestellungen im Bereich von menschlichen Erkrankungen und entwickelt dafür innovative bioinformatische Ansätze und Methoden für die integrative Analyse verschiedener molekularer Ebenen. Weiterhin ist durch die Arbeitsgruppe eine Unterstützung bei der Datenanalyse mittels bioinformatischer Beratungen und durch erweiterte Serviceprojekte möglich.
Forschungs- und Beratungsschwerpunkte
- Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten (z.B. Transkriptom, Epigenom, Genom, Proteom, Metabolom), die mittels Bulksequenzierung, Einzelzellsequenzierung, Microarrays oder anderen Technologien gemessen wurden
- Entwicklung von netzwerkbasierten Methoden und probabilistischen Modellen für die integrative Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten
- Identifikation und Charakterisierung von molekularen Veränderungen und deren Assoziation mit Subgruppen und klinischen Daten
- Anwendung existierender und neu entwickelter Datenanalyseverfahren im Bereich der Krebsforschung (z.B. Melanom, Astrozytom, Oligodendrogliom, Leukämie, Kopf-Hals-Tumore, Eierstockkrebs)
Ausgewählte Projekte
- Juniorverbund MelBrainSys — Modellbasierte Vorhersage und experimentelle Validierung neuer therapeutischer Interventionen für Melanom-Hirnmetastasen (BMBF)
- Rekonstruktion der evolutionäre Entwicklungsgeschichte von Eierstockkrebs
- Identifikation von neuen Krebskandidatengenen für Oligodendrogliome
- Vergleichende vorklinische Drug-Response-Analyse für T-Zell Prolymphozytenleukämie
- Identifikation und Charakterisierung von Genexpressionsunterschieden von Melanommetastasen in verschiedenen Organen
- Ermittlung von Überlebens-assoziierten molekularen Signaturen für akute myeloische Leukämie
- Einzelzell-basierte Melanomtranskriptomvergleiche von Hirn- und Nichthirnmetastasen
Arbeitsgruppenleiter
© Michael Seifert
Gruppenleiter
NameHerr PD Dr. rer. nat. habil. Michael Seifert
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Mitglieder der Arbeitsgruppe
© Luca Penso Dolfin
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Luca Penso Dolfin
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Studierende (Medizin-Doktoranden, SHK, WHK)
© Natalie Labitzke
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Natalie Labitzke
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© Niclas Lange
Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Niclas Lange
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© Inja Lenhardt
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau J. M. Inja Lenhardt
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© Xuliang Xu
wissenschaftliche Hilfskraft
NameHerr Xuliang Xu B.Sc.
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ausgeschiedene Mitarbeitende
© Felix Broghammer
wissenschaftlicher Mitarbeiter (extern: OncoRay)
NameHerr Felix Broghammer M.Sc.
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© Felicitas-Berenike Broll
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Felicitas-Berenike Broll
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© Julia Figueroa Martinez
Masterstudentin
NameFrau Julia Figueroa Martinez
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Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Josef Gladitz
Else-Kröner-Stiftung
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© Konrad Grützmann
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Konrad Grützmann
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© Cosima Hufnagel
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Cosima Hufnagel
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© Theresa Kraft
wissenschaftliche Mitarbeiterin
NameFrau Theresa Kraft M.Sc.
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© Chris Lauber
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Chris Lauber
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studentische Hilfskraft
NameFrau Olena Maiakovska B.Sc.
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studentische Hilfskraft
NameHerr Assad Majid B.Sc.
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wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Nathan Mikhaylenko
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Promotionsstudent
NameHerr Adrian Ortiz Cervantes M.Sc.
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© Pirasteh Pahlavan
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Dr. rer. nat. Pirasteh Pahlavan
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© Michael Rank
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Michael Rank M.Sc.
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© Lisa Schöne
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Lisa Schöne M.Sc.
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© Annemarie Schwarz
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Annemarie Schwarz
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Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Lisa Sturm
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© Marc-Christoph Wagner
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Marc-Christoph Wagner M.Sc.
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Publikationen der Arbeitsgruppe
2026
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Network-Based Prediction of Oligodendroglioma Driver Gene Candidates within the Region of the 1p/19q Co-deletion Utilizing Single-Cell Transcriptomes, 4 Mai 2026, in: Computational and Structural Biotechnology Journal. 35, 1, 0059Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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GOT1 Inhibition Induces Extracellular Matrix Remodeling in Pancreatic Cancer, 3 März 2026, in: Advanced Science. 13, 13, e16578Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Development of a highly differentiated rat brain organoid model for exploring glioblastoma invasion dynamics and therapy, März 2026, in: Neuro-oncology. 28, 3, S. 626-642, 17 S., noaf271Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Molecular genotype-phenotype correlation in ACTB- and ACTG1-related non-muscle actinopathies, 5 Feb. 2026, in: American journal of human genetics. 113, 2, S. 324-341, 18 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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A biomaterial-based platform of pancreatic cancer reveals kallikrein-related peptidase 6 (KLK6) as a mediator of neutrophil recruitment and immunosuppression, Jan. 2026, in: Biomaterials. 324, 123456Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
2025
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Human fingertip regeneration follows clinical phases with distinct proteomic signatures, 5 Nov. 2025, in: npj Regenerative Medicine. 10, 1, 51Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Comparative preclinical drug response analyses of T-prolymphocytic leukemia reveal no differences between known gene expression subgroups, 27 Okt. 2025, in: Biology direct. 20, 1, 106Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Single-cell transcriptome analysis suggests cells of the tumor microenvironment as a major discriminator between brain and extracranial melanoma metastases, 16 Sept. 2025, in: Biology direct. 20, 1, 97Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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A novel role of exostosin glycosyltransferase 2 (EXT2) in glioblastoma cell metabolism, radiosensitivity and ferroptosis, Sept. 2025, in: Cell death and differentiation. 32, 9, S. 1664–1678, 15 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
2024
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Identification of novel snoRNA-based biomarkers for clear cell renal cell carcinoma from urine-derived extracellular vesicles, 13 Mai 2024, in: Biology direct. 19, 1, 15 S., 38Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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