28.01.2026
Workshop zu Spatial Transcriptomics Data Analysis am DcGC
Ein Gruppenfoto der Teilnehmenden des Hands-on-Trainings zusammen mit dem DcGC-Team (erste Reihe).
Im Januar 2026 veranstaltete das DRESDEN-concept Genome Center (DcGC) in Zusammenarbeit mit 10x Genomics einen Workshop zur Spatial Transcriptomics Data Analysis, mit Fokus auf die bildgebende Xenium-Plattform. Xenium ermöglicht eine hochauflösende Kartierung der Transkription direkt im Gewebeschnitt, mit subzellulärer Auflösung und Einzelmolekül-Sensitivität.
Nach der Summer School zu Spatial Transcriptomics im Mai 2025 war auf dem Dresdner Forschungscampus eine starke Nachfrage nach gezielten Trainings für Single-Cell- und Spatial Transcriptomics-Datenanalysen festzustellen. Da sich der Bereich der Spatial Omics durch ständig neue Technologien und Tools rasant weiterentwickelt, bleibt das DcGC bestrebt, der Dresdner Forschungsgemeinschaft Zugang zu modernsten Methoden zu bieten. Durch maßgeschneiderte Workshops und Hands-on-Trainings unterstützt das Zentrum Forschende dabei, diese Ansätze optimal für die eigenen Projekte zu nutzen.
Um dem wachsenden Interesse an der bildgebenden Xenium-Plattform gerecht zu werden, wurde ein neuer Workshop in zwei Teilen konzipiert: ein Einführungsseminar zur Technologie, gefolgt von einem praktischen Hands-on-Training in der Datenanalyse.
Den Auftakt bildete ein von 10x Genomics geleitetes Seminar, an dem rund 60 Interessierte vom Dresdner Forschungscampus teilnahmen. Vier Referierende präsentierten die neuesten Entwicklungen und erläuterten die wichtigsten Faktoren für die Erzeugung hochwertiger Datensätze. Die Experten gaben praktische Empfehlungen zur Probenvorbereitung und führten die Teilnehmenden in die Arbeit mit Xenium-Daten ein, einschließlich erster Schritte der Datenexploration mit der Software Xenium Explorer.
Anschließend folgte ein Hands-on-Training unter der Leitung des DcGC-Bioinformatik-Teams mit 18 Teilnehmenden aus verschiedenen Instituten der TU Dresden, des UKD und des MPI-CBG. Dabei lernten die Teilnehmenden, Xenium-Daten in RStudio und Seurat zu importieren, Qualitätskontrollen und Vorverarbeitungen durchzuführen, räumliche Cluster zu identifizieren sowie Zelltypen und Geweberegionen zu annotieren. Die Sessions waren sehr interaktiv und geprägt von lebhaften Diskussionen, exzellenten Fragen und gemeinsamem Troubleshooting.
Das DcGC dankt 10x Genomics, den Referierenden und allen Teilnehmenden, die diesen Workshop zu einem vollen Erfolg gemacht haben!