Die Forschung am Institut für Mikrobiologie umfasst Themen aus der Biotechnologie, Stoffwechselphysiologie, Proteinbiochemie, Regulation und Signaltransduktion, Systembiologie und Synthetischen Biologie. Organismisch spiegelt das Institut die gesamte Breite der Mikroorganismen wieder, von klassischen Modellbakterien über Archaeen, hin zu Hefen.