MulticellML - Standardisierung des Austauschs von multizellulären Modellen in der Systemmedizin
Multizelluläre Prozesse in biologischen Geweben wie die Organregeneration sind hochkomplex, können aber mittels räumlich aufgelöster Modellierung und Simulation schrittweise besser verstanden werden. Zahlreiche Projekte im Bereich der Systemmedizin arbeiten daher, unter anderem am ZIH, an multizellulären Computermodellen und dazugehöriger Simulationssoftware. Der Austausch, die Reproduktion von Ergebnissen und die Archivierung multizellulärer Modelle werden aber bislang durch das Fehlen eines Standards für für die deklarative Beschreibung diese Modellklasse erschwert.
Ausschnitt aus einer deklarativen xml-Beschreibung eines multizellulären Modells
Das Projekt MulticellML hat die Etablierung einer Infrastruktur für den Austausch multizellulärer Modelle zwischen Projekten innerhalb des e:Med-Netzwerkes und darüber hinaus zum Ziel. Dafür werden die Datenmanagementsoftware FAIRDOMhub/SEEK und eine in diesem Projekt zu entwickelnde deklarative Beschreibungssprache für multizelluläre Modelle kombiniert.
Partners
HITS gGmbH, Heidelberg
Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH, Braunschweig
ZIH-Kontact
Förderdauer
01/2018 - 12/2019
Förderung
BMBF (01ZX1707A)
Publikationen
J. Starruß, W. de Back, L. Brusch, A. Deutsch.Morpheus: a user-friendly modeling environment for multiscale and multicellular systems biology. Bioinformatics30,1331,2014.