AG Seifert: Medizinische Bioinformatik
Die rasante Entwicklung von experimentellen Technologien zur Messung von molekularen Hochdurchsatzdaten erlaubt immer tiefere Einblicke in die Pathogenese von Krankheiten. Die dabei gemessenen heterogenen Datensätze müssen mit geeigneten bioinformatischen und systembiologischen Verfahren analysiert werden, um das komplexe Zusammenspiel verschiedener Regulationsebenen und deren Einfluss auf krankheitsauslösende Prozesse besser zu erfassen.
Die Arbeitsgruppe Medizinische Bioinformatik analysiert schwerpunktmäßig molekulare Hochdurchsatzdaten für spezifische Forschungsfragestellungen im Bereich von menschlichen Erkrankungen und entwickelt dafür innovative bioinformatische Ansätze und Methoden für die integrative Analyse verschiedener molekularer Ebenen. Weiterhin ist durch die Arbeitsgruppe eine Unterstützung bei der Datenanalyse mittels bioinformatischer Beratungen und durch erweiterte Serviceprojekte möglich.
Forschungs- und Beratungsschwerpunkte
- Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten (z.B. Transkriptom, Epigenom, Genom, Proteom, Metabolom), die mittels Bulksequenzierung, Einzelzellsequenzierung, Microarrays oder anderen Technologien gemessen wurden
- Entwicklung von netzwerkbasierten Methoden und probabilistischen Modellen für die integrative Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten
- Identifikation und Charakterisierung von molekularen Veränderungen und deren Assoziation mit Subgruppen und klinischen Daten
- Anwendung existierender und neu entwickelter Datenanalyseverfahren im Bereich der Krebsforschung (z.B. Melanom, Astrozytom, Oligodendrogliom, Leukämie, Kopf-Hals-Tumore, Eierstockkrebs)
Ausgewählte Projekte
- Juniorverbund MelBrainSys — Modellbasierte Vorhersage und experimentelle Validierung neuer therapeutischer Interventionen für Melanom-Hirnmetastasen (BMBF)
- Rekonstruktion der evolutionäre Entwicklungsgeschichte von Eierstockkrebs
- Identifikation von neuen Krebskandidatengenen für Oligodendrogliome
- Vergleichende vorklinische Drug-Response-Analyse für T-Zell Prolymphozytenleukämie
- Identifikation und Charakterisierung von Genexpressionsunterschieden von Melanommetastasen in verschiedenen Organen
- Ermittlung von Überlebens-assoziierten molekularen Signaturen für akute myeloische Leukämie
- Einzelzell-basierte Melanomtranskriptomvergleiche von Hirn- und Nichthirnmetastasen
Arbeitsgruppenleiter
© Michael Seifert
Gruppenleiter
NameHerr PD Dr. rer. nat. habil. Michael Seifert
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Mitglieder der Arbeitsgruppe
© Luca Penso Dolfin
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Luca Penso Dolfin
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Studierende (Medizin-Doktoranden, SHK, WHK)
© Natalie Labitzke
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Natalie Labitzke
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© Niclas Lange
Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Niclas Lange
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© Inja Lenhardt
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau J. M. Inja Lenhardt
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© Xuliang Xu
wissenschaftliche Hilfskraft
NameHerr Xuliang Xu B.Sc.
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ausgeschiedene Mitarbeitende
© Felix Broghammer
wissenschaftlicher Mitarbeiter (extern: OncoRay)
NameHerr Felix Broghammer M.Sc.
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© Felicitas-Berenike Broll
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Felicitas-Berenike Broll
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© Julia Figueroa Martinez
Masterstudentin
NameFrau Julia Figueroa Martinez
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Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Josef Gladitz
Else-Kröner-Stiftung
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© Konrad Grützmann
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Konrad Grützmann
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© Cosima Hufnagel
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Cosima Hufnagel
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© Theresa Kraft
wissenschaftliche Mitarbeiterin
NameFrau Theresa Kraft M.Sc.
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© Chris Lauber
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Chris Lauber
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studentische Hilfskraft
NameFrau Olena Maiakovska B.Sc.
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studentische Hilfskraft
NameHerr Assad Majid B.Sc.
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wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Nathan Mikhaylenko
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Promotionsstudent
NameHerr Adrian Ortiz Cervantes M.Sc.
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© Pirasteh Pahlavan
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Dr. rer. nat. Pirasteh Pahlavan
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© Michael Rank
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Michael Rank M.Sc.
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© Lisa Schöne
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Lisa Schöne M.Sc.
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© Annemarie Schwarz
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Annemarie Schwarz
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Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Lisa Sturm
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© Marc-Christoph Wagner
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Marc-Christoph Wagner M.Sc.
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Publikationen der Arbeitsgruppe
2024
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Personalized identification and characterization of genome-wide gene expression differences between patient-matched intracranial and extracranial melanoma metastasis pairs, 24 April 2024, in: Acta neuropathologica communications. 12, 1, S. 67, 67Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Resistance of HNSCC cell models to pan-FGFR inhibition depends on the EMT phenotype associating with clinical outcome, 21 Feb. 2024, in: Molecular cancer. 23(2024), 1, 25 S., 39Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Network-based analysis of heterogeneous patient-matched brain and extracranial melanoma metastasis pairs reveals three homogeneous subgroups, 17 Feb. 2024, in: Computational and Structural Biotechnology Journal. 23 (2024), S. 1036-1050, 15 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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β1 integrin mediates unresponsiveness to PI3Kα inhibition for radiochemosensitization of 3D HNSCC models, Feb. 2024, in: Biomedicine & pharmacotherapy. 171 (2024), 13 S., 116217Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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The dopamine receptor D1 inhibitor, SKF83566, suppresses GBM stemness and invasion through the DRD1-c-Myc-UHRF1 interactions, 22 Jan. 2024, in: Journal of Experimental and Clinical Cancer Research. 43(2024), 1, 17 S., 25Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Comparative analysis of neurofilaments and biomarkers of muscular damage in amyotrophic lateral sclerosis, 2024, in: Brain Communications. 6, 5, fcae288Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
2023
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Screen time and sleep among medical students in Germany, 19 Sept. 2023, in: Scientific reports. 13, 1, 15462Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Proteogenomic analysis reveals RNA as a source for tumor-agnostic neoantigen identification, 2 Aug. 2023, in: Nature communications. 14, 1, 4632Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Identification of Epigenetically Regulated Genes Distinguishing Intracranial from Extracranial Melanoma Metastases, Juli 2023, in: Journal of Investigative Dermatology. 143, 7, S. 1233-1245.e17, 30 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Plasma extracellular vesicle messenger RNA profiling identifies prognostic EV signature for non-invasive risk stratification for survival prediction of patients with pancreatic ductal adenocarcinoma, 3 Feb. 2023, in: Journal of hematology & oncology. 16 (2023), 1, 19 S., 7Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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