AG Seifert: Medizinische Bioinformatik
Die rasante Entwicklung von experimentellen Technologien zur Messung von molekularen Hochdurchsatzdaten erlaubt immer tiefere Einblicke in die Pathogenese von Krankheiten. Die dabei gemessenen heterogenen Datensätze müssen mit geeigneten bioinformatischen und systembiologischen Verfahren analysiert werden, um das komplexe Zusammenspiel verschiedener Regulationsebenen und deren Einfluss auf krankheitsauslösende Prozesse besser zu erfassen.
Die Arbeitsgruppe Medizinische Bioinformatik analysiert schwerpunktmäßig molekulare Hochdurchsatzdaten für spezifische Forschungsfragestellungen im Bereich von menschlichen Erkrankungen und entwickelt dafür innovative bioinformatische Ansätze und Methoden für die integrative Analyse verschiedener molekularer Ebenen. Weiterhin ist durch die Arbeitsgruppe eine Unterstützung bei der Datenanalyse mittels bioinformatischer Beratungen und durch erweiterte Serviceprojekte möglich.
Forschungs- und Beratungsschwerpunkte
- Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten (z.B. Transkriptom, Epigenom, Genom, Proteom, Metabolom), die mittels Bulksequenzierung, Einzelzellsequenzierung, Microarrays oder anderen Technologien gemessen wurden
- Entwicklung von netzwerkbasierten Methoden und probabilistischen Modellen für die integrative Analyse von molekularen Hochdurchsatzdaten
- Identifikation und Charakterisierung von molekularen Veränderungen und deren Assoziation mit Subgruppen und klinischen Daten
- Anwendung existierender und neu entwickelter Datenanalyseverfahren im Bereich der Krebsforschung (z.B. Melanom, Astrozytom, Oligodendrogliom, Leukämie, Kopf-Hals-Tumore, Eierstockkrebs)
Ausgewählte Projekte
- Juniorverbund MelBrainSys — Modellbasierte Vorhersage und experimentelle Validierung neuer therapeutischer Interventionen für Melanom-Hirnmetastasen (BMBF)
- Rekonstruktion der evolutionäre Entwicklungsgeschichte von Eierstockkrebs
- Identifikation von neuen Krebskandidatengenen für Oligodendrogliome
- Vergleichende vorklinische Drug-Response-Analyse für T-Zell Prolymphozytenleukämie
- Identifikation und Charakterisierung von Genexpressionsunterschieden von Melanommetastasen in verschiedenen Organen
- Ermittlung von Überlebens-assoziierten molekularen Signaturen für akute myeloische Leukämie
- Einzelzell-basierte Melanomtranskriptomvergleiche von Hirn- und Nichthirnmetastasen
Arbeitsgruppenleiter
© Michael Seifert
Gruppenleiter
NameHerr PD Dr. rer. nat. habil. Michael Seifert
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Mitglieder der Arbeitsgruppe
© Luca Penso Dolfin
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Luca Penso Dolfin
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Studierende (Medizin-Doktoranden, SHK, WHK)
© Natalie Labitzke
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Natalie Labitzke
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© Niclas Lange
Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Niclas Lange
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© Inja Lenhardt
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau J. M. Inja Lenhardt
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© Xuliang Xu
wissenschaftliche Hilfskraft
NameHerr Xuliang Xu B.Sc.
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ausgeschiedene Mitarbeitende
© Felix Broghammer
wissenschaftlicher Mitarbeiter (extern: OncoRay)
NameHerr Felix Broghammer M.Sc.
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© Felicitas-Berenike Broll
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Felicitas-Berenike Broll
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© Julia Figueroa Martinez
Masterstudentin
NameFrau Julia Figueroa Martinez
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Promotionsstudent Dr. med.
NameHerr Josef Gladitz
Else-Kröner-Stiftung
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© Konrad Grützmann
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Konrad Grützmann
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© Cosima Hufnagel
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Cosima Hufnagel
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© Theresa Kraft
wissenschaftliche Mitarbeiterin
NameFrau Theresa Kraft M.Sc.
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© Chris Lauber
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. Chris Lauber
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studentische Hilfskraft
NameFrau Olena Maiakovska B.Sc.
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studentische Hilfskraft
NameHerr Assad Majid B.Sc.
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wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Dr. rer. nat. Nathan Mikhaylenko
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Promotionsstudent
NameHerr Adrian Ortiz Cervantes M.Sc.
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© Pirasteh Pahlavan
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Dr. rer. nat. Pirasteh Pahlavan
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© Michael Rank
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Michael Rank M.Sc.
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© Lisa Schöne
wissenschaftliche Mitarbeiterin (extern: NCT)
NameFrau Lisa Schöne M.Sc.
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© Annemarie Schwarz
Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Annemarie Schwarz
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Promotionsstudentin Dr. med.
NameFrau Lisa Sturm
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© Marc-Christoph Wagner
wissenschaftlicher Mitarbeiter
NameHerr Marc-Christoph Wagner M.Sc.
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Publikationen der Arbeitsgruppe
2019
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Mutant IDH1 differently affects redox state and metabolism in glial cells of normal and tumor origin, Dez. 2019, in: Cancers. 11, 12, 2028Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Targeted capture-based NGS is superior to multiplex PCR-based NGS for hereditary BRCA1 and BRCA2 gene analysis in FFPE tumor samples, 27 April 2019, in: BMC cancer. 19, 1, 396Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Multi-omic measurements of heterogeneity in HeLa cells across laboratories, 1 März 2019, in: Nature biotechnology. 37, 3, S. 314-322, 9 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Discovery of highly divergent lineages of plant-associated astro-like viruses sheds light on the emergence of potyviruses, 15 Jan. 2019, in: Virus research. 260, S. 38-48, 11 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
2018
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Network-based analysis of oligodendrogliomas predicts novel cancer gene candidates within the region of the 1p/19q co-deletion, 11 Juni 2018, in: Acta neuropathologica communications. 6, 1, 49Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Pericytes/vessel-associated mural cells (VAMCs) are the major source of key epithelial-mesenchymal transition (EMT) factors SLUG and TWIST in human glioma, 8 Mai 2018, in: Oncotarget. 9, 35, S. 24041-24053, 13 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Comparative analysis of histologically classified oligodendrogliomas reveals characteristic molecular differences between subgroups, 10 April 2018, in: BMC cancer. 18, 1, 399Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
2017
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The biology and mathematical modelling of glioma invasion: A review, Nov. 2017, in: Journal of the Royal Society interface. 14, 136, 20170490Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Übersichtsartikel (Review)
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Comprehensive molecular characterization of multifocal glioblastoma proves its monoclonal origin and reveals novel insights into clonal evolution and heterogeneity of glioblastomas, 1 April 2017, in: Neuro-Oncology. 19, 4, S. 546-557, 12 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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Adhesion- and stress-related adaptation of Glioma radiochemoresistance is circumvented by β1 integrin/JNK cotargeting, 2017, in: Oncotarget. 8, 30, S. 49224-49237, 14 S.Elektronische (Volltext-)VersionPublikation: Beitrag in Fachzeitschrift > Forschungsartikel
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