Klinische Texte für Forschung und KI systematisch erschließen: Das ZMI auf dem GeMTeX-Plenarmeeting

Rund 25 Mitarbeitende aus dem MII-Projekt GeMTeX haben sich letzte Woche zu einem übergreifenden Plenarmeeting in der Albertina-Bibliothek der Universität Leipzig getroffen, um sich zum aktuellen Stand der Annotationsarbeiten und der zukünftigen Nutzung des GeMTeX-Textkorpus auszutauschen. Unter Ihnen befanden sich Dr. Markus Wolfien, unser Teamleiter des Bereichs Data Science, und Karolin Hofmann, Teil des Projektkoordinations-Teams am ZMI. 

Das Ziel von GeMTeX ist es, medizinische Dokumente wie Arzt- und Entlassbriefe so aufzubereiten, dass sie für die Forschung und für den Einsatz Künstlicher Intelligenz datenschutzgerecht genutzt werden können. Essenziell hierfür ist die Annotation von klinischen Dokumenten. Dazu markieren Medizinstudierende an sechs Klinikstandorten – so auch bei uns am ZMI in Dresden – Inhalte aus diesen Dokumenten.

Richtlinien für die Annotation entwickeln sich mit dem Projekt weiter

Im vergangenen Jahr lag der Fokus zunächst auf der De-Identifikation: Angaben, die Rückschluss auf eine Identität oder Einrichtung geben, z. B. Namen, Orte oder Geburtsdaten wurden anonymisiert und automatisiert durch Pseudonyme ersetzt. Nun beginnt an Partnerstandorten wie Dresden mit der semantischen Annotation der nächste Schritt. Dabei werden medizinische Inhalte wie Diagnosen oder Prozeduren kategorisiert. Um die übergreifende Vergleichbarkeit jener komplexen Annotationen sicherzustellen, hat das GeMTeX-Team ausführliche Richtlinien für die semantische Annotation festgelegt, die sich mit dem Projekt laufend weiterentwickeln.

Auf dem Plenarmeeting präsentierte Dr. Markus Wolfien den aktuellen Stand der semantischen Annotation am Standort Dresden und teilte Erfahrungen sowie Herausforderungen aus der Praxis. Darüber hinaus gab er einen Einblick in die Dokumente für die Annotation, die Dashboardzahlen und Infos zur technischen Weiterentwicklung.

Medizinstudent:inen gesucht: Wir suchen Sie als Herzstück unseres Projektes!

Medizinstudierende sind das pulsierende Zentrum von GeMTeX - ohne Ihre sorgfältige Annotation und Ihr Engagement bleibt unser Textkorpus unvollständig. Werden Sie Teil des Teams und prägen Sie aktiv den Fortschritt!

Bewerben Sie sich jetzt und werden Sie Teil des GeMTeX Teams:
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Wir freuen uns auf Ihre Unterstützung!

© Karolin Hofmann