Hampe

Genome-wide association studies

Studies of genetic risk factors of complex disorders, and specifically, genome-wide association studies (GWAS) have been widely employed in the study of complex disorders. Through close cooperation with German and international hospitals and research centers we have actively recruited large cohorts with complex disorders and use these for the identification of novel susceptibility genes for gallstone disease, alcoholic liver cirrhosis, colonic diverticular disease (diverticulosis, diverticulitis), colorectal cancer, hemochromatosis, inflammatory bowel disease and sarcoidosis.

Epigenetics of liver physiology and regeneration in health and disease

Epigenetics describes heritable changes in gene expression without changing the DNA sequence. We focus on changes in DNA methylation in combination with single nuclei RNA-Seq, snATAC-Seq, spatially resolved transcriptomics and Methyl-Seq to identify disease driving molecular pathways in liver diseases, such as non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD), hepatocellular carcinoma and colorectal liver metastases. We have investigated DNA methylation to understand the progression and pathogenesis of NAFLD, and we have used DNA methylation as a molecular clock to track the epigenetic signature of obesity in human liver. We reported the first combined positional analysis of transcriptomes and methylomes across three micro-dissected zones (pericentral, intermediate and periportal) of human liver. In this study, we identified pronounced anti-correlated transcriptional and methylation gradients including a core of 271 genes controlling zonated metabolic and morphogen networks and observed a prominent porto-central gradient of DNA methylation at 46 transcription factor binding sites.

Role of genetic factors in development of FLD

Liver disease can be a result of several risk factors such as obesity, T2D, genetic factors, intestinal dysbiosis, excessive alcohol consumption etc. In our group we focus on genes, which have been identified by GWAS to be involved in many liver diseases, such as NAFLD, ALD, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. We employ genetically modified models to understand physiology, biochemistry and involved molecular pathways in disease development to develop diagnostic and therapeutical targets.

© CRTD/Dr. Katharina Vogt

Prof. Dr. Med. Jochen Hampe

Fachkenntnisse

• Molekulare Mechanismen der Leberphysiologie und -regeneration in Gesundheit und Krankheit
• Moderne funktionelle, genetische, genomische und epigenomische Ansätze (GWAS, snRNA-Seq, snATAC-Seq, räumliche Transkriptomik, DNA-Methylierung und gewebespezifische Maus-KO-Modelle)

Bildung

2018                      W3-Professor für Innere Medizin und Gastroenterologie,
                               Technische Universität Dresden

2013                      W2-Professor für Gastroenterologie, Technische Universität Dresden

2011                     Außerordentliche Professor, Universität Kiel

2005                       Deutsche Habilitation und venia legendi, Innere Medizin,
                                “Genetic risk factors for inflammatory bowel disease”, Universität Kiel

1996                     Doktorarbeit  “DNA Fingerprinting for monitoring of the stability of
                               hybridoma cell lines”, Charité Universitätsmedizin, Berlin
 

Berufliche Laufbahn

Since 2018            Direktor, Medizinische Klinik und Poliklinik 1, Universitätsklinikum                                             Dresden

2013-2018           Leiter Gastroenterologie und Hepatologie, Medizinische Klinik und                                            Poliklinik 1, Universitätsklinikum Dresden

2011-2013            Leitender Oberarzt Gastroenterologie & Leiter der interdisziplinären                                         Endoskopie, Universitätsklinikum Kiel

2007-2011            Facharzt für Gastroenterologie, Universitätsklinikum Kiel

2013                      Deutsche Facharztanerkennung Intensivmedizin

2013                     Deutsches Diabetologen-Zertifikat Diabetologie (DDG)

2005                      Deutsche Facharztanerkennung Gastroenterologie

2004                     Deutsche Facharztanerkennung Innere Medizin

1999 - 2013          Medizinische Abteilung I, Universitätsklinikum Kiel

1998 - 1999          PostDoc Fellow, Universität Kalifornien San Diego, Ca, USA

1997 - 1998          Assistenzarzt, Charité Universitätsmedizin, Berlin

Auszeichnungen und Stipendien

2007      "Thannhauser Preis", Deutsche Gesellschaft für Verdauungs- und                                             Stoffwechselkrankheiten

2004      „Frerichs-Preis“, Deutsche Gesellschaft für Innere Medizin

2002      Ludwig-Heilmeyer-Medaille, „Gesellschaft für Fortschritte in der Inneren Medizin“ 

1997      Julius-Rosenbach-Postdoktorandenstipendium

1993      DAAD-Jahresstipendium für ein medizinisches Grundstudium in Großbritannien

Ausgewählte Publikationen

• Thangapandi VR, Knittelfelder O, Brosch M, Patsenker E, Vvedenskaya O, Buch S, Hinz S, Hendricks A, Nati M, Herrmann A, Berg T, Matz-Soja M, Huse K, Klipp E, Pauling J,10, Wodke J, Ackerman J, Aigner E, Datz C, von Schönfels W, Nehring S, Zeissig S, Röcken C, Dahl A, Chavakis T, Stickel F, Shevchenko A, Schafmayer C, Hampe J*, Subramanian P (*correspondence and shared senior authorship). Loss of hepatic Mboat7 leads to liver fibrosis. Gut 2020; gutjnl-2020-320853 epub
• Segovia-Miranda F, Morales-Navarrete H, Kücken M, Moser V, Seifert S, Repnik U, Rost F,, Brosch M,, Hendricks A, Hinz S, Röcken C, Lütjohann D, Kalaidzidis Y,, Schafmayer C, Brusch L, Hampe J*, Zerial M*. (shared senior authorship) Three-dimensional spatially resolved geometrical and functional models of human liver tissue reveal new aspects of NAFLD progression. Nature Medicine 2019; (12):1885-1893.
• Brosch M, Kattler K, Herrmann A, von Schönfels W, Nordström K, Seehofer D, Damm G, Becker T, Zeissig S, Nehring S, Reichel F, Moser V, Thangapandi RV, Stickel F, Baretton G, Röcken C, Muders M, Matz-Soja M, Krawczak M, Gasparoni G, Hartmann H, Dahl A, Schafmayer C, Walter J, Hampe J. Epigenomic map of human liver reveals principles of zonated morphogenic and metabolic control. Nature Communications 2018; 9(1):4150.
• Buch S, Stickel F, Trépo E, Way M, Herrmann A, Nischalke HD, Brosch M, Rosendahl J, Berg T, Ridinger M, Rietschel M, McQuillin A, Frank J, Kiefer F, Schreiber S, Lieb W, Soyka M, Semmo N, Aigner E, Datz C, Schmelz R, Brückner S, Zeissig S, Stephan AM, Wodarz N, Devière J, Clumeck N, Sarrazin C, Lammert F, Gustot T, Deltenre P, Völzke H, Lerch MM, Mayerle J, Eyer F, Schafmayer C, Cichon S, Nöthen MM, Nothnagel M, Ellinghaus D, Huse K, Franke A, Zopf S, Hellerbrand C, Moreno C, Franchimont D, Morgan MY, Hampe J. (2015), A genome-wide association study confirms PNPLA3 and identifies TM6SF2 and MBOAT7 as risk loci for alcohol-related cirrhosis, Nature Genetics 2015 47 1443-1448.
• Horvath S, Erhart W, Brosch M, Ammerpohl O, von Schonfels W, Ahrens M, Heits N, Bell J,T, Tsai P,C, Spector T,D, Deloukas P, Siebert R, Sipos B, Becker T, Rocken C, Schafmayer C, and Hampe J. Obesity accelerates epigenetic aging of human liver, Proc Natl Acad Sci U S A 2014 111 15538-15543.
• Ahrens M, Ammerpohl O, von Schönfels W, Kolarova J, Bens S, Itzel T, Teufel A, Herrmann A, Brosch M, Hinrichsen H, Erhart W, Egberts J, Sipos B, Schreiber S, Häsler R, Stickel F, Becker T, Krawczak M, Röcken C, Siebert R, Schafmayer C, Hampe J. DNA methylation analysis in nonalcoholic Fatty liver disease suggests distinct disease-specific and remodeling signatures after bariatric surgery. Cell Metabolism 2013;18(2):296-302.
• Hampe J, Franke A, Rosenstiel P, Till A, Teuber M, Huse K, Albrecht M, Mayr G, De La Vega FM, Briggs J, Günther S, Prescott NJ, Onnie CM, Häsler R, Sipos B, Fölsch UR, Lengauer T, Platzer M, Mathew CG, Krawczak M, Schreiber S. A genome-wide association scan of non-synonymous SNPs identifies a susceptibility variant for Crohn disease in the autophagy-related 16-like (ATG16L1) gene. Nature Genetics 2007; 39(2):207.
• Buch S, Schafmayer C, Völzke H, Becker C, Franke A, von Eller-Eberstein H, Kluck C, Bässmann I, Brosch M, Lammert F, Miquel JF, Nervi F, Wittig M, Rosskopf D, Timm B, Höll C, Seeger M, ElSharawy A, Lu T, Egberts J, Fändrich F, Fölsch UR, Krawczak M, Schreiber S, Nürnberg P, Tepel J, Hampe J. A genome-wide association scan identifies the hepatic cholesterol transporter ABCG8 as a susceptibility factor for human gallstone disease. Nature Genetics 2007; 39(8):995-9.
• Hampe J, Grebe J, Nikolaus S, Solberg C, Croucher PJP, Mascheretti S, Jahnsen J, Moum B, Klump B, Krawczak M, Mirza MM, Fölsch UR, Vatn M, Schreiber S. NOD2 genotype and clinical course of Crohn’s disease. Lancet 2002: 359; 1661-1665
• Hampe J, Cuthbert A, Croucher PJP, Mirza MM, Mascheretti S, Fisher S, Frenzel H, King   K, Hasselmeyer A, MacPherson AJS, Bridger S, van Deventer S, Forbes A, Nikolaus S, Lennard-Jones JE, Foelsch UR, Krawczak M, Lewis C, Schreiber S, Mathew CG. An insertion mutation in the NOD2 gene predisposes to Crohn’s Disease in the German and British populations. Lancet 2001; 357: 1925-1928

Außeruniversitäre Förderung durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), das Bundesministerium für Forschung und Bildung (BmBF), die Deutsche Krebshilfe, die Europäische Union und die Crohn's and Colitis Foundation of America.

Gruppenleiter

Prof. Dr. Med. Jochen Hampe

Tel.: +49 (0) 351 458-5643

Team-Mitglieder

Wissenschaftliche Projektkoordinatorin

Dr. Juliane Heisig

Tel.: +49 (0) 351 458-11896

Technische Assistentinnen

Sylvia Lehmann

Tel.: +49 (0) 351 458-4684

Luise Obermann

Tel.: +49 (0) 351 458-4684

Postdocs

Dr. Mario Brosch

Tel.: +49 (0) 351 458-4683

Dr. Veera Raghavan Thangapandi

Tel.: +49 (0) 351 458-19909

Predocs

Raksha Ganesh

Tel.: +49 (0) 351 458-14388

Natalia Wulff

Tel.: +49 (0) 351 458-14684

Jiaqi Zhang

Tel.: +49 (0) 351 458-14388

Bioinformatiker

Alexander Hermann

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