Spatial Genomics jetzt verfügbar für alle am DRESDEN-concept Genome Center

Das DRESDEN-concept Genome Center (DcGC) bietet ab sofort Spatial Genomics an, einen Paradigmenwechsel in der Genexpressionsanalyse. Zwei neue Workflows ermöglichen es Forschenden, die Hochdurchsatz-Genexpression direkt im Gewebe zu untersuchen und Informationen über die räumliche Anordnung der Zellen, Zellzustände und die Interaktion zwischen den Zellen zu erhalten. Um zu besprechen, wie Sie Spatial Genomics in Ihre Projekt- und Förderanträge integrieren können, kontaktieren Sie das DcGc-Team.

In Zusammenarbeit mit der Histologie- und der Lichtmikroskopie-Core Facility des Center for Molecular and Cellular Bioengineering (CMCB) haben die Expert:innen des DcGC aus den Bereichen Spatial und Bioinformatik mehrere Workflows von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse optimiert.

Die Teams haben bereits hochwertige Datensätze generiert und arbeiten an der Prozessoptimierung und Verbesserung der Auflösung. Derzeit werden zwei separate Workflows angeboten: Visium und Xenium. Die Wahl hängt davon ab, ob das Auslesen auf Sequenzierungs- oder Bildgebungsdaten basiert. Detaillierte Informationen zu beiden Workflows (auf Englisch) finden Sie weiter unten.

Alle, die sich für Spatial Omics interessieren, egal ob in der Planungs-, Experimentier- oder Antragsphase, sind herzlich eingeladen, das DcGC-Team zu kontaktieren, und die Ideen zu diskutieren sowie dort Unterstützung zu erhalten. Die DFG bietet zudem neue Fördermöglichkeiten für Sequenzierungskosten, die für derartige Projekte genutzt werden können. Lesen Sie mehr dazu hier.

Contact:

DRESDEN-concept Genome Center
E-Mail:

Die Spatial Genomics Workflows:

Visium

Sequencing-based workflow for unbiased, full transcriptome studies. This system is based on spatially indexed slides, containing spatial barcoded primers in two different resolutions: (A) 55 um diameter spots or (B) 2x2 µm barcoded squares (2x2 µm version only for mouse and human at the moment)

Tissue sections are placed on the slides and permeabilized so that the mRNA is captured by the primers. After reverse transcription, the resulting cDNA contains the spatial barcode that allows to track back the original location of each mRNA molecule.

The Visium workflow can be applied to fresh frozen, fixed frozen, FFPE and archived sections.

In the case of human FFPE samples, it is possible to simultaneously detect immune proteins with a Human Immune Cell Profiling Panel composed of 35 antibodies.

Xenium

Imaging-based high-throughput in-situ technology, enabling targeted mapping of hundreds of RNA molecules, including isoforms and gene fusions, at subcellular resolution. This system is based on gene-specific barcoded padlockprobes that hybridize to the RNAs of interest, followed by internal ligation and rolling circle amplification. The amplified gene-specific barcodes are then detected by hybridization of fluorescently labeled probes. Successive rounds of probe hybridization, imaging and probe removal allows for a highly multiplexed assay using a combinatorial coding scheme.

The Xenium workflow can be applied to fresh frozen and FFPE samples, and it is possible to use pre-designed gene panels as well as custom panels with your genes of interest.