Kooperation mit der Indiana University

Seit 2009 besiegelt ein Kooperationsvertrag für gemeinsame Forschung und Entwicklung die langjährige Zusammenarbeit des ZIH und der Indiana University, Bloomington (USA) auf dem Gebiet des Hochleistungsrechnens. Die enge Verbundenheit der beiden Einrichtungen, die bereits davor durch einen kontinuierlichen wissenschaftlichen Austausch und regelmäßige gegenseitige Besuche von Gastwissenschaftlern gekennzeichnet war, spiegelt sich beispielsweise in der gemeinsamen Teilnahme an Wettbewerben auf der jährlich in den USA stattfindenden Supercomputing Conference wieder. Hier gehörten die gemeinsamen Teams schon mehrfach zu den Gewinnern; wie beispielsweise bei der Cluster Challenge 2008, als ein Team von Studenten des Pervasive Technologie Institute (PTI) Open Systems Lab und Studenten des ZIH einen Wettbewerb zum effektiven Einsatz von wissenschaftlichen Anwendungen auf einem kleinen Supercomputer-Cluster den ersten Platz belegte. Darüber hinaus hat das ZIH an von der IU beantragten Projekten teil genommen, z.B. FutureGrid, dass von der National Science Foundation (NSF) gefördert wird. Die vertraglich untermauerte Kooperation soll sich in den ersten fünf Jahren insbesondere auf die Themen datenintensives Rechnen, verteilte Dateisysteme und Leistungsanalyse paralleler Systeme aber auch auf den Bereich Computing für Biologie und Lebenswissenschaften konzentrieren sowie eine Basis für gemeinsame Publikationen schaffen.

Aktivitäten

• Gemeinsame Mitarbeit in der "High Performance Group" (HPG) in der "Standard Performance Evaluation Corporation" (SPEC)
• Leistungsanalyse von Anwendungen auf HPC-Systemen:
  • SPEC MPI2007 Benchmark auf Windows-HPC
  • IU ScholarWorks
  • IUmd: Analyse einer Molecular-Dynamics Anwendung
  • vSMP hypervisor in ScaleMP: Anwendungsbenchmarks in virtuellen Maschinen
  • Trinity: Optimierung einer De-Nove RNA Sequenzierungsanwendung

• Gemeinsame Forschung:
  • Intel Sandybridge und AMD Interlagos Vergleichsmessungen
  • Netzwerktests zwischen ZIH und IU
  • Vergleich von Xen und KVM Virtualisierung
  • Einbindung von Weitverkehrsdateisystemen zum Datenaustausch zwischen ZIH und IU

ZIH-Kontakt

Dr. Ralph Müller-Pfefferkorn

Publikationen

• Robert Henschel, Matthias Lieber, Le-Shin Wu, Phillip M. Nista, Brian J. Haas, and Richard D. LeDuc: Trinity RNA-Seq assembler performance optimization. In Proceedings of the 1st Conference of the Extreme Science and Engineering Discovery Environment: Bridging from the eXtreme to the campus and beyond (XSEDE '12). Article 45 , 8 pages, ACM, 2012.

• Robert Henschel and S. Simms and D. Hancock and S. Michael and T. Johnson and N. Heald and Thomas William and D. Berry and M. Allen and R. Knepper and M. Davy and M. Link and C. A. Stewart: Demonstrating Lustre over a 100 Gbps Wide Area Network of 3500km, The International Conference for High Performance Computing, Network Storage, and Analysis (SC12). In SC '12 Companion: Proceedings of the 2012 companion on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis Companion, ACM, 2012.
• Thomas William and Donald Berry and Robert Henschel: Analysis and Optimization of a Molecular Dynamics Code Using PAPl and the Vampir Toolchain. In Cray User Group Digital Library, 2012.
• Jahresbericht 2011-2012: https://scholarworks.iu.edu/dspace/handle/2022/16670
• Thomas William and Donald Berry and Robert Henschel, Electronic poster: performance studies of a molecular dynamics code. In SC '11 Companion: Proceedings of the 2011 companion on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis Companion, pages 105-106, ACM, 2011
• Jahresbericht 2010-2011: https://scholarworks.iu.edu/dspace/handle/2022/14295